Siendo apenas un niño, Anselmo Díaz y su madre llegan a Puerto Boyacá en 1985, justo cuando el movimiento de autodefensas campesinas comienza su expansión. Ambos vivirán los rigores de la pobreza, en un pueblo rodeado de riqueza. El pequeño sufrirá por la ausencia de su padre y por los vaivenes inesperados de su madre, y cuando todo parecía cambiar para bien, una enfermedad llega a su vida y con ella otras desgracias que lo acompañarán como sombras por el resto de su existencia.
 
Recreada en una de las regiones más bellas de Colombia, Las aguas turbias, es un viaje por los paisajes del Magdalena Medio en una época que Colombia difícilmente olvidará: el surgimiento de las autodefensas campesinas que precedieron al paramilitarismo. Esta novela es también una catarsis del autor, un anhelo, una historia de frustración, de amor, de esperanza y de dolor.